رهبر انقلاب بارها در زمان شاه به خاطر فعالیت‌های انقلابی دستگیر و به زندان‌های ساواک فرستاده شدند.کمک رهبر معظم انقلاب به مردم سیل زده قوچان و همچنین ارسال پیام تسلیت و برگزاری مراسم یادبود فرزند امام (ره)، بهانه‌ای برای ماموران ساواک شد تا در ۲۳ آذرماه سال ۱۳۵۶ به منزلشان حمله و ایشان را دستگیر کردند. تنها ۵ روز بعد از دستگیری و در ۲۸ آذرماه سال ۱۳۵۶ نیرو‌های ساواک رهبر انقلاب را به سه سال اقامت اجباری در ایرانشهر تبعید کردند.
حجت‌الاسلام‌سید حسین مطهری یزدی یکی از روحانیون مبارز و مبلغ اندیشه‌های امام خمینی در کتاب خاطرات خود می‌گوید: «زمانی که حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به چابهار و ایرانشهر تبعید شده بودند ایشان را می‌شناختیم و به ملاقات ایشان نیز می‌رفتیم. در آن موقع آقای راشد یزدی و حجتی کرمانی در آنجا تبعید بودند.
آیت‌الله خامنه‌ای فعالیت چشمگیری در آن زمان داشتند؛ مثلاً برای سیل‌زدگان و قحطی‌زدگان آنجا پول جمع می‌کرد، برای آیت‌الله صدوقی در یزد و آیت‌الله بهاء‌الدین محلاتی در شیراز نامه می‌‍‌نوشتند و درخواست کمک برای فقرای آن منطقه می‌کردند.
ایشان گاهی هم لباس بلوچی می‌پوشیدند و به روستا‌ها سر می‌زدند. در بحث وحدت شیعه و سنی هم در کنار آیت‌الله کفعمی فعالیت می‌کردند.